brokera, отже - якщо ставити лінукс на другий диск, тоді при розмітці диску можеш створити всі зазначені точки: /usr, /var, /home і корінь, файлові системи - jfs, ext2, ext4, ext4 відповідно. І ще що важливо буде - як в тебе 2 жорстких диски, то всі ОС лінукс їх бачать як /dev/sda і /dev/sdb, а розділи на них як /dev/sda1 - перший розділ на першому диску, /dev/sdb3 - третій розділ на другому диску і т.д. за аналогією. До чого я це - по перше - це у программі gparted аби не заплутався, по друге при установці мінт на другий диск в меню, де визначаєш, який розділ куди прикріпити знизу є такий пункт як "Установка загрузчика" на російскій, не пам'ятаю, як українською, та не суть. В цьому пункті обери саме той диск на якому буде лінукс! І ще варто буде через біос переключити той жорсткий диск, з якого піде завантаження, бо стартер лінуксу може завантажити віндовс, але не навпаки