Решил написать здесь, так как помог парню, а он свою тему закрыл.
Как сохранить, восстановить и сбросить настройки cinnamon я уже писал, а для того чтобы изменить тему оформления через терминал, достаточно выполнить:
gsettings set org.cinnamon.theme name "моя_любимая_тема"