Для того, щоб вірус зміг запуститись, йому необхідно забезпечити можливість усіх необхідніих для його роботи системніих викликів. Оскільчи дуже часто вірусти використовують недокументовані функції, є дуже велика ймовірність, що ці недокументовані функції в Wine відсутні, а відповідно і вірус не зможе виконати свій шкідливий код. Ну, досі я з такими випадками ще не зіштовхувався, щоб віндові віруси наробили шкоди в Лінуксі. Хоча, по іронії, перший вірус - хробак Морріса - був написаний для *NIX систем.
Ситуація щодо вірусів в Лінукс з часом може змінитись з ростом його популярності. Для Windows більшість вірусів пишеться в першу чергу через популярність цієї системи на домашніх комп’ютерах.